محمد مهدى نجف در سال 1323 هجرى شمسى مطابق با 1945 میلادى در خانواده علم و فقاهت در شهر «نجف اشرف» چشم به جهان گشود. پدرش حجةالاسلام و المسلمین آقای «حاج شیخ محمد حسن طه نجف» بود که ایشان نیز متولد نجف می باشند. وی تحصیلات ابتدایى، راهنمایى، دبیرستان و دانشگاهی را در نجف اشرف به پایان رساند و مدرک دکتری از دانشگاه (جامعة الحضارة الاسلامیة الدولیة) بیروت حاصل شد و همچنین در سال 1958 میلادى در سن 13 سالگی به حوزه علمیه نجف اشرف ملحق و  تا مرحله درس خارج فقه و اصول در محضر اساتید بزرگ مثل: «آیت الله العظمى سید محسن حکیم»، «حضرت آیت الله العظمى خویى»، «حضرت آیت الله حاج سید محمد تقى حکیم» ، «حضرت آیت الله شهید حاج سید محمد باقر حکیم»، «حضرت آیت الله حاج شیخ محمد تقی ایروانی»، «حضرت حجت الاسلام و المسلمین حاج سید محمد جواد فضل الله»، «حضرت حجةالاسلام و المسلمین حاج شیخ جواد شمشاد» و «حضرت حجةالاسلام و المسلمین حاج شیخ عبدالهادى حموزی» (قدس الله اسرارهم) استفاده نمودند.
وى در سال 1967 مدیر کل شعبه هاى کتابخانه عمومى حضرت آیت الله العظمى سید محسن حکیم را به عهده داشت که تعداد این شعبه ها هفتاد و پنج شعبه در کلیه عراق بوده است و در سال 1970 دبیر کل کتابخانه و شعبه هاى آن را به عهده داشتند. درسال 1980 برابر با 1360 هجرى شمسى پس از زندانى شدن توسط حکومت بعث عراق به ایران گریخت و در شهر مقدس قم فعالیتهاى علمى و فرهنگى خویش را ادامه داد. اولین کار علمى وى به عنوان (فهرس مخطوطات مکتبة الامام الحکیم) در سال 1968 میلادى به چاپ رسید و تاکنون حدود 45 اثر در علوم اسلامى تفسیر مقارن، حدیث مقارن‌، تاریخ، رجال، فقه، فقه مقارن، اصول فقه، نجوم و غیره تألیف یا تحقیق رسید، که بعضى از این آثار به چاپ نرسیده است.
وى عضو مؤسس مؤسسه آل البیت (علیهم السلام) در شهر قم و همچنین چهار سال مسئولیت انتشارات جامعه مدرسین حوزه علمیه قم را به عهده داشت و هفت سال به عنوان معاون فرهنگى مجمع جهانى تقریب مذاهب اسلامى و مدیر مرکز تحقیقات مجمع بوده است و در تعداد زیادی از کنفرانسهاى کشورهاى مختلف جهان شرکت داشت، وى در وقت حاضر، ریاست مرکز مطالعات و پژوهشهاى فلکى نجومى قم و مشاور دبیر کل مجمع جهانی و عضو هیأت علمی مجمع و عضو شورای کتاب مجمع و مدیر مرکز اطلاع رسانى مجمع جهانى تقریب به عهده دارند.